Jin Mikuriya est un lycéen qui fait partie d’une école d'arts appliqués. Lors qu’il sculpte une statue représentant une jeune fille dans le bois d’un arbre sacré récemment abattu, la statue se change en déesse sous les traits d'une jeune fille qui se fait appeler Nagi. Elle est la réincarnation de l’arbre gardien du pays se trouvant autour du Kannagi.
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