Résumé: Les X-Men du Professeur Xavier ont publiquement tenté de faire passer leur message concernant les relations mutants/humains. Après une deuxième « affaire Magnéto », les voici placés sous la responsabilité du chef de la sécurité américaine Nick Fury, qui se trouve être également le chef des Ultimates, équipe gouvernementale de surhumains (non mutants). Bien que Xavier et Fury poursuivent le même but, leurs relations sont, au mieux, distantes. De plus, à cause de l’attitude de Xavier concernant Magnéto et de ses pouvoirs télépathiques, le président des Etats-Unis a décidé de prendre ses distances vis-à-vis de lui et des X-Men. Et pour ce faire, il a embauché Emma Frost, ex-étudiante (et maîtresse…) de Xavier, pour créer une nouvelle équipe de mutants, plus en phase avec les intérêts américains. Mais au sein même du gouvernement, certains anti-mutants estiment qu’il est dangereux de se lier davantage aux mutants et décident d’agir… même contre le président si besoin ! Et ce n’est pas tout… pendant ce temps-là, les X-Men continuent d’entrainer leur nouvelle recrue, Warren Worthington III, alias Angel, et doivent digérer le départ du Fauve jaloux de l’attirance qu’Angel ressent pour Tornade, sa petite amie.