Résumé: Adaptation en manga du film d'animation, lui-même inspiré de l'univers du jeu vidéo. Des scientifiques ont utilisé un cil fossilisé de Mew, le Pokémon le plus puissant ayant jamais existé, pour donner vie à Mewtwo, son émule aux pouvoirs décuplés. Or, lorsqu'il découvre qu'il est le fruit d'une expérience humaine et que son existence n'a pas d'autre but que celle de servir d'arme de destruction massive à la Team Rocket, Mewtwo entre dans une grande colère et fait exploser le laboratoire en se jurant de se venger de la race humaine. Pour ce faire, il convie Sacha et d'autres dresseurs à un tournoi et entreprend de créer une armée de clones à partir de leurs Pokémon. Ceci pour démontrer que les copies sont les plus fortes...