Résumé: Première action :
L'action principale du livre a lieu dans le Moscou des années 1930, où Satan se manifeste sous l'identité d'un mystérieux magicien nommé Woland, accompagné d'une troupe hétéroclite composée du valet ex-chef de chœur, répondant au nom de Fagotto, du chafouin et bavard chat noir Béhémoth, du tueur Azazello, ainsi que de la sorcière Hella. La troupe prend pour cible l'élite littéraire avec son syndic, le "MASSOLIT", son restaurant-QG pour les privilégiés de la Nomenklatura, la maison Griboïedov, tous ses parvenus corrompus, leurs épouses ou maîtresses, ses bureaucrates et ses profiteurs — et de façon plus générale, les sceptiques et les mécréants.
Le livre débute par une discussion sur l'existence de Dieu entre le chef de la scène littéraire bureaucrate, Berlioz, athée notoire, et un gentleman étranger très poli (il s'agit de Woland). Est témoin de cette scène un jeune et enthousiaste poète, Ivan Biezdomny (dont le nom signifie sans-logis). Celui-ci tente vainement de poursuivre et de capturer le gang, puis d'avertir les autorités de sa nature diabolique, mais ne parvient qu'à se faire jeter dans un asile de fous.
À ce point apparaît le personnage du Maître, un auteur aigri, désespéré par le dénigrement et le rejet dont a fait l'objet son roman sur Ponce Pilate et le Christ, au point d'en avoir jeté au feu le manuscrit avant de se détourner du monde, y compris de son aimée Marguerite. Après une période de vagabondage, il se fait enfermer dans le même asile de fous qu'Ivan Biezdomny, mais avant lui. Ledit asile jouera un rôle d'importance moyenne et à portée comique, puisque, tout au long du roman, des victimes des farces de la troupe de Satan se trouveront enfermées dans cet hôpital psychiatrique.
Deuxième action :
La deuxième action se situe à Jérusalem, sous le gouvernement du procurateur Ponce Pilate. Il s'agit du récit que Woland fait à Berlioz et qui trouve écho dans les pages du roman du Maître. La narration est donc fragmentée mais peut être reconstituée ainsi : Ponce Pilate rencontre Yeshoua Ha-Nozri et se découvre une affinité spéciale pour cet homme et même un besoin spirituel de lui ; ce qui ne l'empêche pas de se résigner à le livrer à ceux qui veulent sa mort. Le roman du Maître traite ensuite de la nuit vernale de pleine lune où le Christ, dont le sort est scellé par Pilate, est crucifié à Jérusalem. La fin du roman du Maître traite de Mathieu Lévi, le collecteur d'impôts et disciple unique de Jésus ; de sa rencontre avec Ponce Pilate ; et de l'assassinat de Yehuda de Carioth — qui avait livré Jésus-Yeshoua — par le conseiller de Pilate, homme encapuchonné que l'on peut soupçonner au fil de la lecture d'être Woland lui-même.
Troisième action :
La troisième action voit le personnage de Marguerite prendre une grande importance. Satan donne un bal de minuit, qui coïncide avec la nuit du Vendredi saint. Il fait une offre à Marguerite, qu'elle accepte : devenir une sorcière douée de pouvoirs surnaturels le temps du bal, et servir à Satan de « maîtresse de maison » pour recevoir ses invités.
Alors qu'elle apprend à voler et à contrôler ses passions débridées — non sans se venger avec violence des bureaucrates littérateurs qui ont condamné son amant au désespoir — et qu'elle entraîne avec elle sa domestique Natacha, Marguerite pénètre nue dans le monde de la nuit, survole les forêts noires et les fleuves de la Mère Russie, se baigne et, purifiée, revient à Moscou pour être l'hôte du grand bal de Satan. Debout au côté de ce dernier, elle accueille les personnages les plus tristement fameux de l'histoire de l'humanité alors qu'ils se déversent en nombre des portes de l'enfer.
Elle surmonte l'épreuve — laisser les pires brigands lui embrasser le genou et témoigner à chacun son amour de reine du bal — et pour sa peine et sa droiture elle est récompensée : Satan lui offre d'exaucer son vœu le plus cher. Elle choisit de retrouver son amant le Maître et de vivre avec lui dans la misère et l'amour. Grâce au travail de Fagotto, le Maître retrouve une nouvelle vie grâce à la possession de documents administratifs conformes. Néanmoins, ni Satan ni Dieu ne jugent ce genre d'existence digne des bons, et le couple est empoisonné par Azazello. Étant morts, les deux protagonistes sont libres de suivre Woland et quittent Moscou avec lui, alors que ses fenêtres et ses coupoles se consument dans le soleil couchant du dimanche de Pâques. L'avant-dernière scène est celle de la libération de Ponce Pilate, qui attendait depuis 2 000 ans de pouvoir rejoindre Yeshoua.
C'est vers la fin du texte que les trois actions du livre se rencontrent, puisque l'on retrouve les personnages initiaux, la fin du récit par le Maître de l'histoire de Ponce Pilate, et l'événement majeur qu'est le bal.